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The putative cancer-causing CDKs/Cyclins driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
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| HGNC | Ensembl | ACC | BLCA | BRCA | CESC | CHOL | COAD | DLBC | ESCA | GBM | HNSC | KICH | KIRC | KIRP | LAML | LGG | LIHC | LUAD | LUSC | MESO | OV | PAAD | PCPG | PRAD | READ | SARC | SKCM | STAD | TGCT | THCA | THYM | UCEC | UCS | UVM | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol | Gene ID | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel |
| CDK1 | ENSG00000170312 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK2 | ENSG00000123374 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK3 | ENSG00000250506 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK4 | ENSG00000135446 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK5 | ENSG00000164885 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK6 | ENSG00000105810 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK14 | ENSG00000058091 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK15 | ENSG00000138395 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK16 | ENSG00000102225 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK17 | ENSG00000059758 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK18 | ENSG00000117266 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK7 | ENSG00000134058 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK8 | ENSG00000132964 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK9 | ENSG00000136807 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK10 | ENSG00000185324 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK11A | ENSG00000008128 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK11B | ENSG00000248333 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK12 | ENSG00000167258 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK13 | ENSG00000065883 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK19 | ENSG00000155111 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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