Transcript Fusion

 

The transcript fusion data of TCGA were retrieved from the TumorFusions database.

 

List of the transcript fusions of the GESPs in each cancer type


 Show   entries each page
 Jump to page  

 
 Showing page 318  first page | previous page | next page | last page 
 
 Cancer Type  TCGA_barcode  Patient  Fusion_transcript  Gene_A  Gene_B  Chr_A  Chr_B  Strand_A  Strand_B  #_Discordant_Pairs  #_JSR  #_perfect_JSR  Evalue  Junction_A  Junction_B  Tier  Frame  TN  WGS_validation  Centrality 
UCECTCGA-D1-A3DH-01ATCGA-D1-A3DHPTPRK|FBXO5PTPRKFBXO5  6    6    -1    -1    8    4    3    1.7    128718711    153296756    tier1    In-frame    13879    NA    0  
UCECTCGA-BK-A139-02ATCGA-BK-A139PTPRN2|LRRC37BPTPRN2LRRC37B  7    17    -1    1    2    1    1    0.042    157903521    30357675    tier2    In-frame    13905    NA    0  
UCECTCGA-2E-A9G8-01ATCGA-2E-A9G8PTPRU|KAZNPTPRUKAZN  1    1    1    1    2    1    1    0.34    29602268    14925479    tier2    CDS-5UTR    13923    NA    0  
UCECTCGA-FI-A3PX-01ATCGA-FI-A3PXPUM1|NKAIN1PUM1NKAIN1  1    1    -1    -1    42    38    35    0.5    31422980    31661034    tier1    In-frame    13946    NA    0  
UCECTCGA-B5-A5OE-01ATCGA-B5-A5OEPVR|ZNF233PVRZNF233  19    19    1    1    22    20    19    2    45150842    44768467    tier1    In-frame    13971    NA    0  
UCECTCGA-EY-A4KR-01ATCGA-EY-A4KRPVRL2|CEACAM19PVRL2CEACAM19  19    19    1    1    19    18    17    0.8    45349870    45175868    tier1    In-frame    13973    NA    0  
UCECTCGA-SL-A6J9-01ATCGA-SL-A6J9RAD50|SLC22A4RAD50SLC22A4  5    5    1    1    11    4    4    0.52    131973915    131670411    tier1    Out-of-frame    14161    NA    0  
UCECTCGA-AJ-A3EM-01ATCGA-AJ-A3EMRASGRP1|CD47RASGRP1CD47  15    3    -1    -1    25    12    10    0.074    38852022    107799191    tier1    In-frame    14376    NA    0  
UCECTCGA-AJ-A3BD-01ATCGA-AJ-A3BDRCN3|FLT3LGRCN3FLT3LG  19    19    1    1    4    3    3    0.067    50042436    49989272    tier1    CDS-3UTR    14513    NA    0  
UCECTCGA-AJ-A3BF-01ATCGA-AJ-A3BFRERE|SLC2A5RERESLC2A5  1    1    -1    -1    45    40    38    0.34    8555123    9118309    tier1    In-frame    14559    NA    0  
UCECTCGA-PG-A5BC-01ATCGA-PG-A5BCRERE|SLC2A7RERESLC2A7  1    1    -1    -1    10    6    6    1.5    8716032    9079392    tier1    Out-of-frame    14561    NA    0  
UCECTCGA-B5-A3S1-01ATCGA-B5-A3S1REV3L|FYNREV3LFYN  6    6    -1    -1    7    9    7    0.4    111732683    112101838    tier1    CDS-5UTR    14575    NA    0  
UCECTCGA-PG-A914-01ATCGA-PG-A914REV3L|FYNREV3LFYN  6    6    -1    -1    21    13    11    0.4    111803953    112041265    tier2    CDS-5UTR    14578    NA    0  
UCECTCGA-B5-A3S1-01ATCGA-B5-A3S1RNF214|SIDT2RNF214SIDT2  11    11    1    1    3    2    1    0.45    117117664    117054790    tier2    Out-of-frame    14821    NA    0  
UCECTCGA-A5-A3LP-01ATCGA-A5-A3LPRNH1|TOLLIPRNH1TOLLIP  11    11    -1    -1    5    4    3    1.4    507113    1317024    tier1    5UTR-CDS    14862    NA    0  
UCECTCGA-B5-A3S1-01ATCGA-B5-A3S1RP11-73M18.2|MARK3RP11-73M18.2MARK3  14    14    1    1    2    1    1    0.027    104124113    103969219    tier2    Out-of-frame    14945    NA    0  
UCECTCGA-A5-A3LP-01ATCGA-A5-A3LPRPTOR|CD163RPTORCD163  17    12    1    -1    12    21    2    1    78599593    7655160    tier1    In-frame    15104    NA    0  
UCECTCGA-KP-A3VZ-01ATCGA-KP-A3VZRYR1|ZNF383RYR1ZNF383  19    19    1    1    54    32    26    0.92    39068844    37733371    tier1    Out-of-frame    15217    NA    0  
UCECTCGA-AX-A2H4-01ATCGA-AX-A2H4SBNO2|CACNA2D2SBNO2CACNA2D2  19    3    -1    -1    12    1    1    0.002    1132089    50471860    tier2    In-frame    15348    NA    0  
UCECTCGA-E6-A8L9-01ATCGA-E6-A8L9SEPT9|MGAT5BSEPT9MGAT5B  17    17    1    1    70    66    63    0.67    75369634    74934070    tier1    Out-of-frame    15612    NA    0  

 Showing page 318 
first page | previous page | next page | last page 








Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2020 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.