The Cancer LncRNome Atlas



Skin Cutaneous Melanoma (SKCM)

TCLA currently contains information about lncRNA expression, copy number alterations (focal alterations and high-frequent alterations), promoter methylation and cancer-associated SNPs for each cancer type.

Please select the data type that you are interested in:

 

Detectable lncRNAs in SKCM

To ensure detection reliability and reduce background noise, we applied two filters in each cancer type: the first eliminates any gene whose 50th percentile RPKM value is equal to or less than 0; the second filter selects only genes whose 90th percentile RPKM value is greater than 0.1.

 
first page | previous page | next page | last page     
Ensembl IDChromosomeStartEndStrand
ENSG00000244151chr7150771829150773617-
ENSG00000243836chr7151106247151110440+
ENSG00000239911chr7151574127151576299+
ENSG00000229591chr7151817086151818802-
ENSG00000261455chr7152160871152162634+
ENSG00000234722chr7153097005153111048-
ENSG00000236544chr7155213901155249794-
ENSG00000182648chr7156264890156433286-
ENSG00000241558chr7156376854156398461-
ENSG00000224903chr7156446879156450387-
ENSG00000225666chr7156461646156469257-
ENSG00000243479chr7156803499156809120+
ENSG00000229660chr7157074230157075380-
ENSG00000233038chr7157647221157658784+
ENSG00000231419chr7158799213158822886+
ENSG00000272240chr8184347184887-
ENSG00000249868chr8255306281026-
ENSG00000182366chr8325931333174-
ENSG00000272293chr8400714401343-
ENSG00000272005chr8424455427966+
ENSG00000253982chr817101561712668-
ENSG00000246089chr862610726264663-
ENSG00000271743chr864731256474719-
ENSG00000249898chr864759966565730-
ENSG00000271927chr865035766506025+
ENSG00000186530chr866660386693166-
ENSG00000215374chr871591337212876-
ENSG00000253893chr880253418084136-
ENSG00000254340chr889989349002945+
ENSG00000248538chr890465219060364+
ENSG00000272267chr894126569414030-
ENSG00000253641chr81033207510339484+
ENSG00000272505chr81034431710347176+
ENSG00000248896chr81058682410628902+
ENSG00000269918chr81096220110964214-
ENSG00000255310chr81096529810967236-
ENSG00000270076chr81106047411061180+
ENSG00000269899chr81170366311703900-
ENSG00000255052chr81197329112008698+
ENSG00000255495chr81205197612053789+
ENSG00000227888chr81221952712268510+
ENSG00000270074chr81227033612271882+
ENSG00000270154chr81233397112334631+
ENSG00000254813chr81262335812668987-
ENSG00000255494chr81265175212675800+
ENSG00000271948chr81708247317082978-
ENSG00000253671chr81766645017678377+
ENSG00000245281chr81794237717953903+
ENSG00000254064chr82211208922132675-
ENSG00000251034chr82239835822402918-
ENSG00000253200chr82247142122474170-
ENSG00000261026chr82253652622541522-
ENSG00000253125chr82254766322656129+
ENSG00000245025chr82284210922876848-
ENSG00000253616chr82292889022932001-
ENSG00000253930chr82304679223048188+
ENSG00000246582chr82308198423088439+
ENSG00000253837chr82319368423223638+
ENSG00000253390chr82331611423342484+
ENSG00000253986chr82335052223351711-
ENSG00000272163chr82476967824772230-
ENSG00000104725chr82480846824814624-
ENSG00000253476chr82528303725284096-
ENSG00000253567chr82830478128313419+
ENSG00000246339chr82855371828558981-
ENSG00000259366chr82891345228914202+
ENSG00000259607chr82892479628925971+
ENSG00000260253chr82920993729210687-
ENSG00000253632chr82938482929387840+
ENSG00000251191chr82953143829605625-
ENSG00000253490chr82960582529656008+
ENSG00000248964chr82967252029712059-
ENSG00000271869chr83001334630013748-
ENSG00000272375chr83005492030055564+
ENSG00000254109chr83023963530242917-
ENSG00000104691chr83058976430624522+
ENSG00000272327chr83262364332625477+
ENSG00000247134chr83285369632902373+
ENSG00000272338chr83321836133218933-
ENSG00000253642chr83346237433896526+
ENSG00000254038chr83692495936926936-
ENSG00000253746chr83726295737264242-
ENSG00000253161chr83727885937411701-
ENSG00000253414chr83737392837374539-
ENSG00000254290chr83745499837457376-
ENSG00000253344chr83748353337531905-
ENSG00000260949chr83792039937921309+
ENSG00000272128chr83795698937957449+
ENSG00000272092chr83823988238240979+
ENSG00000272159chr83826556638266260-
ENSG00000255201chr83827940738283614+
ENSG00000253174chr84139790041402563-
ENSG00000264578chr84146721141479021-
ENSG00000260588chr84168568341687452-
ENSG00000254165chr84239267242393447-
ENSG00000269924chr84843995948440710+
ENSG00000253608chr84946412749611069+
ENSG00000228801chr85281188552859733+
ENSG00000272024chr85286284452863250+
ENSG00000237807chr85442773154436491-
ENSG00000272457chr85478871054789209-
ENSG00000271722chr85692604656926727+
ENSG00000272343chr85713524757135732+
ENSG00000246430chr85740880557472382-
ENSG00000167912chr86003159960033905+
ENSG00000251396chr86129714761429354-
ENSG00000254802chr86187836161880334-
ENSG00000270673chr86408028464081001-
ENSG00000261542chr86412853964130592+
ENSG00000254102chr86548686365494445-
ENSG00000272010chr86650408566504707-
ENSG00000272155chr86662656966627013-
ENSG00000272192chr86675498766755566+
ENSG00000245910chr86783391967838633-
ENSG00000271966chr86825621068257322+
ENSG00000261658chr87057928470582549-
ENSG00000246528chr87074634670767206+
ENSG00000253143chr87138334771392858-
ENSG00000253636chr87396441373975296+
ENSG00000254288chr87496457575012088+
ENSG00000253706chr87571101975779174-
ENSG00000249395chr87613563976236976-
ENSG00000253661chr87740343577595513-
ENSG00000261618chr87974976479752757+
ENSG00000272138chr88068037780715077+
ENSG00000249328chr88068160780783994-
ENSG00000272518chr88086870080869616-
ENSG00000272264chr88094495980945535-
ENSG00000251867chr88139679681397854-
ENSG00000254162chr88144724181451370-
ENSG00000260317chr88145353581455339+
ENSG00000253214chr88206651482076834+
ENSG00000272425chr88218763482189805-
ENSG00000254027chr88219210682193681-
ENSG00000253898chr88431599384321135+
ENSG00000253549chr88635408086377144-
ENSG00000254231chr88734550387355543-
ENSG00000253553chr88933906589749363+
ENSG00000251136chr89062163890769955-
ENSG00000246792chr89165866991668826+
ENSG00000253738chr89207213792082417-
ENSG00000271971chr89472760694728341-
ENSG00000253854chr89473180294733395+
ENSG00000253722chr89474544494746250+
ENSG00000253848chr89475342194756762+
ENSG00000264448chr89492796294928910-
ENSG00000253704chr89556595095581973+
ENSG00000272509chr89589683795897298+
ENSG00000253878chr89596226595963624+
ENSG00000245080chr89607903696085410-
ENSG00000245970chr89905395499056349+
ENSG00000253948chr8100008991100025272-
ENSG00000260368chr8101925475101926616-
ENSG00000253395chr8102134373102138386-
ENSG00000261087chr8102179033102181857-
ENSG00000271882chr8102220376102220786+
ENSG00000246263chr8103251622103265561+
ENSG00000272037chr8103268620103270049+
ENSG00000253669chr8103817745103822199+
ENSG00000247081chr8104169218104311000-
ENSG00000266289chr8104395306104396082-
ENSG00000251003chr8106792474107072752-
ENSG00000254615chr8107282372107285127+
ENSG00000253877chr8111949919112039662-
ENSG00000253327chr8117886663117889107+
ENSG00000254343chr8121064419121068440+
ENSG00000272502chr8121824459121825599+
ENSG00000248690chr8122651533122656933+
ENSG00000272384chr8123792210123793069-
ENSG00000272043chr8123792999123793310+
ENSG00000271975chr8125318430125320617-
ENSG00000245149chr8125474726125486817-
ENSG00000253106chr8125500751125503884+
ENSG00000272486chr8125591872125592889+
ENSG00000249816chr8125860979125966570+
ENSG00000253167chr8126052926126057231+
ENSG00000245164chr8126934552126963493-
ENSG00000254286chr8127570120127725660+
ENSG00000253438chr8127859300128033259+
ENSG00000249859chr8128806779129113499+
ENSG00000250400chr8130228713130253496-
ENSG00000229140chr8130363937130692485-
ENSG00000254223chr8130691381130695925-
ENSG00000254317chr8130844547130856750+
ENSG00000261220chr8134585426134586104+
ENSG00000272456chr8135735190135736192+
ENSG00000259820chr8135804263135810515-
ENSG00000254101chr8137543041137997178+
ENSG00000253988chr8139075511139085483+
ENSG00000254258chr8140472305140475259-
ENSG00000259891chr8141515912141518142-
ENSG00000259758chr8141530255141539600-
ENSG00000253210chr8142136143142140060-
ENSG00000253307chr8142262385142263391-
ENSG00000261655chr8142363503142365465-
ENSG00000244998chr8142400039142402674-
ENSG00000261693chr8143485013143488389+
ENSG00000234616chr8143738874143763386-
ENSG00000247317chr8144063155144099854-
ENSG00000253716chr8144362331144363860-
ENSG00000272172chr8144372569144372791-
ENSG00000254389chr8144448801144450718-
ENSG00000254338chr8144499849144501320+
ENSG00000254859chr8144624143144631899-
ENSG00000254741chr8144661806144662840+
ENSG00000271912chr8144683416144685394+
ENSG00000181097chr8144778324144780583+
ENSG00000203499chr8144816310144828507+
ENSG00000204791chr8145104030145106423+
ENSG00000255224chr8145132905145134168-
ENSG00000232600chr8145660602145665354+
ENSG00000255182chr8145721001145730827-
ENSG00000261139chr8145721763145725663-
ENSG00000265393chr8145737950145739056+
ENSG00000254533chr8145923999145924570-
ENSG00000255559chr8146228197146231432+
ENSG00000227518chr92765730891+
ENSG00000227155chr9454304492112-
ENSG00000226403chr9547317549531+
ENSG00000236199chr920419002046023-
ENSG00000236404chr924227022641395-
ENSG00000232104chr935267233671646+
ENSG00000235326chr936745463691814+
ENSG00000236924chr966459566670635+
ENSG00000225489chr967165486727438+
ENSG00000235448chr91270010012814344-
ENSG00000270547chr91340637913433052-
ENSG00000226197chr91344649013487510+
ENSG00000234779chr91672681216727522+
ENSG00000260912chr91945320719455171+
ENSG00000265194chr92185890921861925-
ENSG00000240498chr92199477722121096+
ENSG00000234840chr92264619922824212+
ENSG00000260412chr92793761527944495-
ENSG00000235453chr93255114232567003+
ENSG00000233554chr93316697333179981+
ENSG00000260947chr93369745733700984+
ENSG00000261215chr93466190034666026-
ENSG00000230074chr93466566234681295+
ENSG00000269900chr93565774835658015-
ENSG00000227388chr93577216035790429+
ENSG00000235387chr93590948035911683+
ENSG00000233137chr93707989337090398+
ENSG00000234160chr93750914737510296+
ENSG00000204860chr93862047138624987+
ENSG00000204837chr94196161542019580-
ENSG00000223839chr94246631742474239+
ENSG00000237357chr94440176644404440+
ENSG00000235659chr94500190745003117-
ENSG00000231527chr94510839245112532+
ENSG00000232116chr94548457245488153+
ENSG00000225353chr94627084146274928-
ENSG00000231212chr94666124246662837-
ENSG00000204802chr94668542946688137-
ENSG00000226007chr94684363846846025+
ENSG00000238113chr96645728566469310+
ENSG00000234665chr96651348866553911-
ENSG00000170161chr96655327366555928+
ENSG00000182021chr96701740067032072-
ENSG00000225411chr96839787868409893-
ENSG00000231242chr96908253669108793-
ENSG00000233178chr97101060971021416-
ENSG00000204706chr97270073272790804-
ENSG00000268364chr97280891372873782-
ENSG00000225434chr97492034674958126+
ENSG00000236849chr97548664475489025-
ENSG00000229587chr97762474477630952-
ENSG00000254473chr98632250986328293+
ENSG00000235298chr98658714886590692+
ENSG00000226237chr98956361489616948+
ENSG00000231632chr99162494991625393-
ENSG00000224945chr99170351991724849-
ENSG00000237372chr99231656692334585+
ENSG00000230537chr99386723993869586-
ENSG00000237422chr99388142093925369-
ENSG00000233081chr99418852094189426+
ENSG00000225511chr99490358094922396+
ENSG00000227603chr99619761496199403-
ENSG00000269929chr99693874096940174+
ENSG00000232063chr99709475897123230+
ENSG00000231806chr99731735197330409+
ENSG00000237857chr99817711698189078-
ENSG00000271155chr99826851798269918+
ENSG00000271659chr99827632798276802+
ENSG00000175611chr99852151398638259-
ENSG00000225194chr99878201498790247-
ENSG00000224848chr99944933899483403+
ENSG00000242375chr99995763399959969-
ENSG00000203279chr999962757100000982-
ENSG00000254876chr9100000731100059596+
ENSG00000255036chr9100000779100139569+
ENSG00000270412chr9101705619101706057-
ENSG00000271086chr9102117619102139522-
ENSG00000255145chr9102648608102668883-
ENSG00000270332chr9106842305106855354-
ENSG00000226334chr9107689834107691173+
ENSG00000234323chr9109040673109367076+
ENSG00000234229chr9109378339109464943+
ENSG00000259953chr9114794835114800010-
ENSG00000226609chr9115511182115512736-
ENSG00000271631chr9115647438115648047+
ENSG00000228623chr9115759495115774507-
ENSG00000225684chr9115865618115873780-
ENSG00000231528chr9115875353115882208+
ENSG00000227482chr9116413236116445135+
ENSG00000226752chr9123587106123616651+
ENSG00000239593chr9124042141124045008-
ENSG00000235865chr9124043046124047808-
ENSG00000261534chr9124577953124581731-
ENSG00000269979chr9125086887125087594+
ENSG00000270102chr9125093146125093622+
ENSG00000261094chr9125699902125702612+
ENSG00000236901chr9125871773125877756-
ENSG00000235204chr9127021529127023435-
ENSG00000224020chr9127420746127460910+
ENSG00000271341chr9127704887127705774-
ENSG00000224842chr9129351873129375979-
ENSG00000269909chr9129462577129463312+
ENSG00000271833chr9130129049130129676+
ENSG00000225032chr9130578345130584799+
ENSG00000257524chr9130630143130649066-
ENSG00000227218chr9130696782130703231+
ENSG00000269988chr9130870860130871604-
ENSG00000234771chr9130873450130881013-
ENSG00000225951chr9131231236131235291-
ENSG00000228395chr9131291180131314689-
ENSG00000234705chr9131425413131425857-
ENSG00000223478chr9131486724131495473+
ENSG00000267834chr9131766781131767277-
ENSG00000268707chr9131932713131933219+
ENSG00000204055chr9131939050131972827+
ENSG00000224307chr9132044737132048007+
ENSG00000233901chr9132094579132121817+
ENSG00000230676chr9132192931132213701-
ENSG00000204054chr9132245730132275947+
ENSG00000234789chr9132402755132403561+
ENSG00000270755chr9132806992132807360+
ENSG00000230289chr9134391945134397616-
ENSG00000224992chr9135644840135645599-
ENSG00000175164chr9136125788136150617-
ENSG00000271875chr9136125788136130950-
ENSG00000225756chr9136519708136522435-
ENSG00000235106chr9136890561136899788+
ENSG00000225361chr9138354573138372623-
ENSG00000226706chr9138395119138398293-
ENSG00000237339chr9138466781138478958+
ENSG00000260193chr9138999654139001270-
ENSG00000237886chr9139440664139444345+
ENSG00000228401chr9139543062139554873-
ENSG00000233016chr9139615818139622636-
ENSG00000228544chr9139698379139703300-
ENSG00000260190chr9139831621139832440-
ENSG00000235117chr9139931492139932407+
ENSG00000231864chr9139957987139959033+
ENSG00000260996chr9140188320140190173-
ENSG00000233013chr9141106637141143444+
ENSG00000226179chrX281725282586+
ENSG00000236871chrX15153201518295+
ENSG00000236017chrX15206621532921+
ENSG00000223511chrX18514771874878+
ENSG00000223571chrX22523362254451-
ENSG00000234449chrX37710513800358-
ENSG00000205663chrX38094793838787-
ENSG00000205662chrX38479103855896-
ENSG00000236120chrX55714625644346-
ENSG00000234129chrX1098801111129234-
ENSG00000235385chrX1328416713321571-
ENSG00000233535chrX1397351213982023+
ENSG00000238178chrX1617106416188992-
ENSG00000237836chrX1890841418912615+
ENSG00000233785chrX2379110923801073-
ENSG00000260822chrX2456363324568583+
ENSG00000243055chrX3071811530742291-
ENSG00000226679chrX3808064438082920+
ENSG00000238123chrX3866082138663136-
ENSG00000235304chrX3916421039186616-
ENSG00000223486chrX3986852939871435+
ENSG00000236393chrX4012217040146973+
ENSG00000234636chrX4059465240597950+
ENSG00000270155chrX4109510941095832+
ENSG00000230844chrX4640492846407671+
ENSG00000267064chrX4751823247519776+
ENSG00000224292chrX4836491148367226-
ENSG00000228343chrX4843816248439545-
ENSG00000270012chrX4912951749132231+
ENSG00000234390chrX4964189249643844-
ENSG00000229151chrX5109979651139314-
ENSG00000226530chrX5113936351208513+
ENSG00000227486chrX5593455656041606+
ENSG00000204272chrX5675569256844813+
ENSG00000226310chrX5714809557153676+
ENSG00000231669chrX6480826164820630+
ENSG00000260118chrX6723331267234743-
ENSG00000228427chrX7040340970418025-
ENSG00000269911chrX7199743271998921+
ENSG00000229807chrX7304048673072588-
ENSG00000225470chrX7316415973290243+
ENSG00000228906chrX7316880873169393+
ENSG00000230590chrX7318379073513409-
ENSG00000270223chrX7322922473231303-
ENSG00000271430chrX7342006473461983-
ENSG00000271533chrX7342981173433495-
ENSG00000259640chrX8375503383757461-
ENSG00000261295chrX9992832799928978+
ENSG00000228609chrX100258821100262962-
ENSG00000271147chrX101854440101969599+
ENSG00000223546chrX102024089102140334+
ENSG00000239407chrX102139342102161086+
ENSG00000234405chrX102752451102755245+
ENSG00000231154chrX102942212102946700+
ENSG00000231728chrX103172005103174131-
ENSG00000261409chrX107963179107968174-
ENSG00000237863chrX107979770107982133+
ENSG00000243736chrX108867473108877915-
ENSG00000271826chrX114752490114797058-
ENSG00000203650chrX117973519117991849+
ENSG00000224281chrX118599997118603061-
ENSG00000227285chrX119055224119056803-
ENSG00000244439chrX119745184119754929+
ENSG00000229033chrX122867024122868144+
ENSG00000232412chrX123093083123095191-
ENSG00000213468chrX130836678130964671-
ENSG00000232160chrX131351175131566890+
ENSG00000223749chrX133677367133680741-
ENSG00000227060chrX133684003133693953+
ENSG00000196972chrX134229058134232664-
ENSG00000178947chrX134555868134561999+
ENSG00000233093chrX135721702135724588+
ENSG00000232611chrX135923090135929956-
ENSG00000234062chrX135991554136103789+
ENSG00000226031chrX137793614137798779+
ENSG00000236337chrX147028461147029103+
ENSG00000241489chrX148564621148614672-
ENSG00000238039chrX148593039148607803-
ENSG00000241769chrX148614831148622358-
ENSG00000197463chrX151876743151883038-
ENSG00000184324chrX151922445151928738+
ENSG00000224216chrX154564167154581271-
ENSG00000270726chrX155233883155255299+
ENSG00000231535chrY28709532970313+
ENSG00000239204chrY1446580414468226+
ENSG00000233864chrY1477426514804162+
ENSG00000176728chrY2103438721239302-
ENSG00000260197chrY2185382721856492-


 
first page | previous page | next page | last page     
Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2015 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.