The Cancer LncRNome Atlas



Skin Cutaneous Melanoma (SKCM)

TCLA currently contains information about lncRNA expression, copy number alterations (focal alterations and high-frequent alterations), promoter methylation and cancer-associated SNPs for each cancer type.

Please select the data type that you are interested in:

 

Detectable lncRNAs in SKCM

To ensure detection reliability and reduce background noise, we applied two filters in each cancer type: the first eliminates any gene whose 50th percentile RPKM value is equal to or less than 0; the second filter selects only genes whose 90th percentile RPKM value is greater than 0.1.

 
first page | previous page | next page | last page     
Ensembl IDChromosomeStartEndStrand
ENSG00000248461chr53814858238153817+
ENSG00000244968chr53855688838671318+
ENSG00000249740chr53873615738845931-
ENSG00000271334chr53952053339524810+
ENSG00000248668chr54187013241871059+
ENSG00000271788chr54300683543007645-
ENSG00000177738chr54301451643067521-
ENSG00000272382chr54303381843034737+
ENSG00000215068chr54304167743045492+
ENSG00000272144chr54306149743062543+
ENSG00000261604chr54328770343290941+
ENSG00000249492chr54348406143509458+
ENSG00000248554chr54351116043521913+
ENSG00000248092chr54357169643603332-
ENSG00000251141chr54474500244808879-
ENSG00000272335chr54482617844828694+
ENSG00000259663chr55066857050679166-
ENSG00000272123chr55238484652385298-
ENSG00000247796chr55240567252410956+
ENSG00000272416chr55317612353176881-
ENSG00000240535chr55431712754330098-
ENSG00000227908chr55529099555299477+
ENSG00000249236chr55535487755363199+
ENSG00000271828chr55622370156225400+
ENSG00000250961chr55669088756829251+
ENSG00000249436chr55691021656913258+
ENSG00000152931chr55978354059843484+
ENSG00000272308chr56016228460162762-
ENSG00000272370chr56431586564316378+
ENSG00000272354chr56431644164316816+
ENSG00000250081chr56478227164782875-
ENSG00000269961chr56522045765220963-
ENSG00000229666chr56629721166299781-
ENSG00000270107chr56647544166476415-
ENSG00000249364chr56667520667101066+
ENSG00000249352chr56826626668325992-
ENSG00000250237chr56833434568339648-
ENSG00000248664chr56840893968432221-
ENSG00000269983chr56974546369746180+
ENSG00000254353chr57032899570330227-
ENSG00000272093chr57165651771658805+
ENSG00000272365chr57166344671664222+
ENSG00000261269chr57173573071738214-
ENSG00000271926chr57224946272250101-
ENSG00000272081chr57225103372251526-
ENSG00000247993chr57274218472742811+
ENSG00000272525chr57279337572794118-
ENSG00000271815chr57465958574660067+
ENSG00000272040chr57490464274905808+
ENSG00000266045chr57562766275629781+
ENSG00000250615chr57636970676370345+
ENSG00000250802chr57638256576462734+
ENSG00000245556chr57763818977656331-
ENSG00000249825chr57934819779379477-
ENSG00000251675chr57942418479439706+
ENSG00000249042chr57977811279783882-
ENSG00000247572chr58049990380597379-
ENSG00000271862chr58234519582346783-
ENSG00000272367chr58667207386672997-
ENSG00000247828chr58756471287732502+
ENSG00000245526chr58780336387986858-
ENSG00000248309chr58817914588762215+
ENSG00000260871chr58968428589685180-
ENSG00000234292chr59057591490576959-
ENSG00000248323chr59059884690610219-
ENSG00000237187chr59274506592921354-
ENSG00000251023chr59319637593199531-
ENSG00000250240chr59503695395067999-
ENSG00000248734chr59612048196121703+
ENSG00000248202chr59721712497258399+
ENSG00000246763chr59810532298109173-
ENSG00000250682chr5101944860102007263-
ENSG00000251026chr5103415612103441104+
ENSG00000251574chr5103718999104728671-
ENSG00000272523chr5108063526108063961-
ENSG00000271849chr5109023503109024030-
ENSG00000248268chr5110613215110638265-
ENSG00000246859chr5110847924111075423+
ENSG00000224032chr5111496223111499973+
ENSG00000270067chr5112229030112229698+
ENSG00000272389chr5112233720112234068+
ENSG00000248175chr5114539713114541943-
ENSG00000271797chr5114598202114599145+
ENSG00000249249chr5114937754114956356+
ENSG00000271918chr5115419504115421113-
ENSG00000248445chr5115783243115843972+
ENSG00000249167chr5115910178115927094+
ENSG00000261036chr5119681602119740532-
ENSG00000248927chr5120116913120126473+
ENSG00000260686chr5122168051122170228+
ENSG00000223652chr5122422943122425994-
ENSG00000230561chr5127039082127277326+
ENSG00000245937chr5127276118127418864-
ENSG00000223548chr5131339285131342715+
ENSG00000233006chr5131646978131705608-
ENSG00000234290chr5131804582131808735-
ENSG00000271737chr5133340838133341253+
ENSG00000270177chr5133562101133563518+
ENSG00000248559chr5133735186133737612+
ENSG00000270021chr5134734970134736986+
ENSG00000164621chr5135465196135470579-
ENSG00000270237chr5137081340137081840-
ENSG00000250159chr5137150022137225025-
ENSG00000253404chr5138080123138088998-
ENSG00000272255chr5139024045139024587-
ENSG00000245146chr5139452442139488215-
ENSG00000254363chr5139536904139552636+
ENSG00000249637chr5139750476139780952-
ENSG00000272154chr5140479829140481794-
ENSG00000272108chr5140498262140500347+
ENSG00000272070chr5140705777140708924+
ENSG00000271871chr5141331984141332940+
ENSG00000231185chr5141704858142051566+
ENSG00000261757chr5142083347142084986+
ENSG00000236714chr5142125165142140563+
ENSG00000250343chr5146559767146614422-
ENSG00000250072chr5148442880148489350+
ENSG00000249669chr5148786252148808241+
ENSG00000269936chr5148809849148812397+
ENSG00000230551chr5148872949148884233-
ENSG00000271795chr5150889014150892330+
ENSG00000272112chr5151104392151104917-
ENSG00000245275chr5153708997153825410-
ENSG00000254350chr5157851593157879766+
ENSG00000245812chr5158527491158544486+
ENSG00000253522chr5159895275159914433+
ENSG00000254391chr5160112358160119896+
ENSG00000253978chr5167656588167659362-
ENSG00000254192chr5168081518168094766+
ENSG00000250274chr5169735705169739720-
ENSG00000235172chr5169758433169760883+
ENSG00000204758chr5172381789172386395-
ENSG00000253955chr5173006646173012071+
ENSG00000253686chr5173134617173173214-
ENSG00000254211chr5173213793173236042-
ENSG00000249306chr5173763298173959460+
ENSG00000250909chr5175774944175780587+
ENSG00000251414chr5175781209175783171+
ENSG00000251666chr5176478715176479964+
ENSG00000246334chr5176865504176874700-
ENSG00000248996chr5176921996176930648+
ENSG00000272459chr5176981825176982365+
ENSG00000247679chr5177038254177046755+
ENSG00000249684chr5177377336177390961+
ENSG00000250999chr5179084763179091433+
ENSG00000248367chr5179720245179722253+
ENSG00000260841chr5180211782180214869-
ENSG00000245060chr5180257957180262726+
ENSG00000250222chr5180618924180621429+
ENSG00000250900chr5180622496180630103+
ENSG00000233937chr5180673523180699168+
ENSG00000248275chr5180688213180699308+
ENSG00000238035chr5180733503180755068+
ENSG00000272463chr6708592711405-
ENSG00000261730chr613840251385301-
ENSG00000272279chr615285991529146-
ENSG00000250903chr622459822482256+
ENSG00000230438chr628548912876744-
ENSG00000244041chr629882012991407+
ENSG00000224846chr629899602999368-
ENSG00000270346chr630203883022984+
ENSG00000261015chr630250253027659+
ENSG00000272277chr630682793069128-
ENSG00000230269chr631829783195990-
ENSG00000272320chr633118963313884+
ENSG00000228793chr635944813624981-
ENSG00000270504chr637513453754105+
ENSG00000260604chr639051443912213-
ENSG00000272248chr640189474019436+
ENSG00000205444chr646108904611538+
ENSG00000272142chr650302065043683+
ENSG00000271978chr650319905054657-
ENSG00000261211chr666805426683866-
ENSG00000261189chr675406847541571-
ENSG00000251164chr686523708654079+
ENSG00000230939chr687844118785678+
ENSG00000229950chr61040957310416679+
ENSG00000228478chr61042337310426409-
ENSG00000183674chr61042948810435107-
ENSG00000229401chr61043454910457014+
ENSG00000237685chr61051126910514779-
ENSG00000272097chr61074355710747896-
ENSG00000230314chr61104375711078459+
ENSG00000229896chr61200790312009089+
ENSG00000215022chr61326509313295818-
ENSG00000272379chr61329025013290722-
ENSG00000261071chr61361434313615387-
ENSG00000272209chr61382566313826805+
ENSG00000234261chr61497701915090234-
ENSG00000271888chr61524415415245231-
ENSG00000235488chr61524804615248865-
ENSG00000229931chr61676136916762883+
ENSG00000272341chr61676457716767114+
ENSG00000272269chr61770648817707575+
ENSG00000226786chr61953517519839311-
ENSG00000228412chr61980239519804983-
ENSG00000272168chr62166500322214734+
ENSG00000260455chr62213518622147422-
ENSG00000261568chr62222101022222624+
ENSG00000272345chr62470113524702021-
ENSG00000272402chr62470697524707379+
ENSG00000224164chr62474253024752149+
ENSG00000272053chr62501518025042398-
ENSG00000272065chr62599098925991454+
ENSG00000272462chr62599289025998545+
ENSG00000228223chr62652207626526807+
ENSG00000261353chr62652729126527632+
ENSG00000233631chr62663461126637008-
ENSG00000261584chr62668646926688192+
ENSG00000224843chr62692477126991703+
ENSG00000272468chr62709043627091000-
ENSG00000271755chr62737178927374743-
ENSG00000272009chr62804657028048908-
ENSG00000269293chr62808957328105071-
ENSG00000204623chr62996878830029417-
ENSG00000231074chr63025517430294927-
ENSG00000272540chr63069088230691654-
ENSG00000272273chr63071070630711369+
ENSG00000228789chr63102122731027667+
ENSG00000272501chr63116297731165814-
ENSG00000272221chr63136206631363272-
ENSG00000206337chr63136847931445283+
ENSG00000272217chr63321385233214633-
ENSG00000225339chr63424745634254545+
ENSG00000272288chr63466409434665247+
ENSG00000272374chr63518814735192407-
ENSG00000246982chr63611447536164982-
ENSG00000235033chr63984958039867847-
ENSG00000234753chr64146259141516359-
ENSG00000261068chr64205997642061997-
ENSG00000231113chr64290810242916098+
ENSG00000272223chr64300163543002143-
ENSG00000272170chr64304206943042477-
ENSG00000271754chr64348691843487462-
ENSG00000271970chr64352960943530156+
ENSG00000203362chr64355596743559099-
ENSG00000237686chr64396346044042389-
ENSG00000262179chr64418467644185973+
ENSG00000271857chr64538881645389742-
ENSG00000270761chr64744497947445308-
ENSG00000225791chr65244210552448783+
ENSG00000271367chr65321495653215503+
ENSG00000227885chr65360554753611820-
ENSG00000271218chr65378377253785586-
ENSG00000236740chr65379482053862465+
ENSG00000261116chr65480796554809897+
ENSG00000231441chr65670880056728876+
ENSG00000226803chr65697969257039034-
ENSG00000231273chr65769089557691645+
ENSG00000272541chr65818216958182746-
ENSG00000272316chr65823483858240189-
ENSG00000215190chr65827235258287779-
ENSG00000225096chr65829190858298496+
ENSG00000266680chr66428091064282313-
ENSG00000230910chr66933985469344919-
ENSG00000271967chr67130614171306683+
ENSG00000233237chr67205404772130472-
ENSG00000229852chr67397293874011124+
ENSG00000231652chr67440362674405854-
ENSG00000225793chr67599473076006719+
ENSG00000270362chr67994343579946514+
ENSG00000272129chr68106514181066576+
ENSG00000233967chr68115306181175644+
ENSG00000260645chr68117667581178797+
ENSG00000226453chr68255490282643197-
ENSG00000234155chr68609693786099904-
ENSG00000223998chr68627003386270928-
ENSG00000203875chr68637071086388451-
ENSG00000272008chr68786087787865003-
ENSG00000224345chr68841022888411243+
ENSG00000228124chr69038318890385502+
ENSG00000118412chr69053961390584155+
ENSG00000261366chr69602305996025326-
ENSG00000228506chr69987279899879249+
ENSG00000228439chr69996856999979794+
ENSG00000272017chr6100015973100016972+
ENSG00000260000chr6101329347101330863+
ENSG00000203808chr6105584183105617820+
ENSG00000272102chr6105721095105721635-
ENSG00000231628chr6105726891105729630+
ENSG00000269919chr6106548015106548468+
ENSG00000272476chr6108278617108281190+
ENSG00000271734chr6108351453108351922-
ENSG00000271730chr6109319685109320328+
ENSG00000260273chr6109703998109704869+
ENSG00000230177chr6111599135111599945+
ENSG00000271789chr6111618329111619713+
ENSG00000272356chr6111630406111634720+
ENSG00000231889chr6111804714111919505+
ENSG00000255389chr6111921078111923498+
ENSG00000237234chr6112475967112487670+
ENSG00000230943chr6113944737113971276-
ENSG00000227502chr6114189178114194516-
ENSG00000228624chr6114290865114792869+
ENSG00000272403chr6116765323116766023+
ENSG00000226409chr6125691357125695470-
ENSG00000237742chr6125899704126070336-
ENSG00000227220chr6132272086132398533+
ENSG00000236166chr6132406224132420419+
ENSG00000228495chr6132453055132490514+
ENSG00000231023chr6133409219133427717+
ENSG00000231971chr6134749378134841723-
ENSG00000236700chr6134758854134825719+
ENSG00000232310chr6134846452134980974-
ENSG00000232876chr6135376171135381688+
ENSG00000231028chr6135818489136037193+
ENSG00000260418chr6136656852136657225-
ENSG00000272189chr6136871799136873692+
ENSG00000237499chr6138144810138189370-
ENSG00000226004chr6138264216138266939-
ENSG00000225177chr6139013685139018425+
ENSG00000236013chr6140388572140414858+
ENSG00000234147chr6141167095141174061-
ENSG00000259828chr6141768148141772143+
ENSG00000236366chr6142847592142959026-
ENSG00000229036chr6143806116143828464+
ENSG00000270638chr6146056706146058354+
ENSG00000235652chr6146136048146207721+
ENSG00000233452chr6147163037147525750-
ENSG00000225135chr6147708800147711601+
ENSG00000233330chr6149912891149913799-
ENSG00000231760chr6150117711150119308-
ENSG00000268592chr6150183733150240643+
ENSG00000223701chr6150205567150240644+
ENSG00000234577chr6152701681152702699+
ENSG00000235381chr6155574273155577858-
ENSG00000271265chr6157095351157095796-
ENSG00000271551chr6157097494157098211-
ENSG00000271040chr6157744996157745509+
ENSG00000236537chr6158703295158733390+
ENSG00000271913chr6159409210159485957+
ENSG00000233682chr6159586941159588385+
ENSG00000270949chr6160529406160532536+
ENSG00000270419chr6163834097163834992-
ENSG00000228692chr6164007615164009197+
ENSG00000260422chr6164505055164506693-
ENSG00000223414chr6166322290166401536-
ENSG00000203688chr6168080306168084467-
ENSG00000198221chr6168224556168227389-
ENSG00000235994chr6168376604168380456-
ENSG00000229921chr6168393502168397757-
ENSG00000223485chr6169558187169563019-
ENSG00000261039chr6169575401169582835-
ENSG00000226445chr6169613349169639660+
ENSG00000233085chr6169686629169689311-
ENSG00000232640chr6170125187170125950-
ENSG00000266896chr6170170509170172138+
ENSG00000229214chr6170188886170198921-
ENSG00000242611chr77703880418+
ENSG00000242474chr7135853149466-
ENSG00000240859chr7149597155465+
ENSG00000261795chr7161765164972-
ENSG00000249574chr7419325422678+
ENSG00000223855chr7560028564869+
ENSG00000237181chr7642822648119+
ENSG00000257607chr710949961098897-
ENSG00000229043chr712000101204903+
ENSG00000230487chr716097091629262+
ENSG00000236081chr717782661781927-
ENSG00000175873chr724773982487485+
ENSG00000241269chr754594585460398+
ENSG00000188365chr754594775462753+
ENSG00000230733chr755154355519442+
ENSG00000260054chr766944956696063+
ENSG00000228010chr767036056748532+
ENSG00000230825chr772947857317410+
ENSG00000234141chr779894847990340-
ENSG00000227719chr781536558156191+
ENSG00000244239chr783018638302451+
ENSG00000226690chr71253605512581536+
ENSG00000225606chr71260975112611017-
ENSG00000229618chr71314101613743774+
ENSG00000224330chr71389398013898650-
ENSG00000229108chr71572800315735116+
ENSG00000272361chr71663325316633849-
ENSG00000237773chr71731945817338981-
ENSG00000260214chr71903746619042039+
ENSG00000232821chr71915209719153894+
ENSG00000233834chr72025720020261323+
ENSG00000271133chr72036792220371370-
ENSG00000232759chr72260295622613615+
ENSG00000225541chr72261122622701411-
ENSG00000179428chr72276501422767239-
ENSG00000228649chr72289387522901021+
ENSG00000230658chr72314084723145322-
ENSG00000226816chr72324563223247664+
ENSG00000223561chr72563297125790614-
ENSG00000270933chr72598827725989023-
ENSG00000225792chr72641176426416321-
ENSG00000214870chr72643821326538594+
ENSG00000233429chr72713526627139884+
ENSG00000253552chr72714739627173921+
ENSG00000254369chr72716959627195542+
ENSG00000253187chr72720823827211534+
ENSG00000240990chr72722413727228912+
ENSG00000253508chr72722619227233067-
ENSG00000243766chr72723819427246878+
ENSG00000234336chr72821994128283536+
ENSG00000176734chr72899297428997934-
ENSG00000235669chr72923915629248586-
ENSG00000225264chr72963841129724871-
ENSG00000227014chr73002821630065276+
ENSG00000227017chr73021600330218630-
ENSG00000196295chr73055592530634425-
ENSG00000263683chr73058983330591185+
ENSG00000236455chr73061712830625588-
ENSG00000271122chr73573482435739023+
ENSG00000227544chr73575605535774497+
ENSG00000228878chr73579457435840226-
ENSG00000188185chr73977323139832691+
ENSG00000259826chr73998712139989354-
ENSG00000203446chr74057772640586527-
ENSG00000261019chr74294087142942238-
ENSG00000228434chr74404364544047465-
ENSG00000235314chr74407877044081905+
ENSG00000239775chr74410450744105678+
ENSG00000260997chr74499859845000508-
ENSG00000232956chr74502262245026560-
ENSG00000236078chr74766153747669491+
ENSG00000146666chr74780107447806370+
ENSG00000205628chr75372320253879624-
ENSG00000179406chr76584103165866325-
ENSG00000223473chr76595608365958553-
ENSG00000237310chr76595869365960461+
ENSG00000229180chr76599291866007536-
ENSG00000226824chr76611952566134842+
ENSG00000235475chr76680096366805011+
ENSG00000234215chr76906094469062434-
ENSG00000225969chr77314936873150384+
ENSG00000232415chr77347390673476614-
ENSG00000232729chr77410327374143339-
ENSG00000265479chr77661026676673092+
ENSG00000214293chr77728697777325582-
ENSG00000234456chr77908219879100524+
ENSG00000232019chr78456866584569561-
ENSG00000233073chr78641354286415986-
ENSG00000224046chr78678073986781736-
ENSG00000182165chr78695454186974831-
ENSG00000264868chr78790020787903065-
ENSG00000223969chr79021993390226667-
ENSG00000243107chr79182932891836171-
ENSG00000244055chr79208687892120924+
ENSG00000237819chr79246579792546501+
ENSG00000236453chr79365214593695973+
ENSG00000231170chr79522599495243031+
ENSG00000272377chr79625131896293650-
ENSG00000231764chr79659483996643377-
ENSG00000242687chr79861078898645863+
ENSG00000244219chr79919568999208436+
ENSG00000237640chr79952701599546243+
ENSG00000242798chr79971283799724762-
ENSG00000241357chr7100032880100034133+
ENSG00000224729chr7100187025100201829-
ENSG00000236305chr7100434936100450238-
ENSG00000227053chr7100657601100660889-
ENSG00000260336chr7100737328100741248+
ENSG00000232445chr7100951627100954266+
ENSG00000226869chr7104379044104444554-
ENSG00000225329chr7104558007104567077-
ENSG00000237513chr7104581510104602781+
ENSG00000228393chr7104590762104653491-
ENSG00000239569chr7104653872104654768-
ENSG00000242154chr7104944724104947089+
ENSG00000228742chr7106415457106436010+
ENSG00000272072chr7106833004106833745-
ENSG00000233705chr7107294421107302596-
ENSG00000241764chr7107383262107385026-
ENSG00000228540chr7110364215110365881-
ENSG00000225535chr7114719012114766368+
ENSG00000243243chr7115877983115967950-
ENSG00000237813chr7115878314116139519-
ENSG00000227199chr7116592500116594388-
ENSG00000230316chr7121943712121950131+
ENSG00000224897chr7124569927124819369+
ENSG00000224138chr7126990182126991577+
ENSG00000271553chr7128307097128308210+
ENSG00000270810chr7128327342128327926+
ENSG00000271344chr7128330505128331771+
ENSG00000135253chr7128502505128550773-
ENSG00000239815chr7128506633128508898+
ENSG00000240685chr7128808053128809538+
ENSG00000243230chr7128849616128853386-
ENSG00000270953chr7130147501130148123+
ENSG00000236753chr7130994503131012981-
ENSG00000232053chr7135777673136122174+
ENSG00000260231chr7139877061139879440+
ENSG00000240889chr7140395136140396877-
ENSG00000244701chr7141352181141356610-
ENSG00000270157chr7141362722141363646-
ENSG00000228775chr7141404138141438146-
ENSG00000231840chr7142952357142984473-
ENSG00000232533chr7143076785143077588-
ENSG00000229153chr7143104906143220542+
ENSG00000244198chr7143891951143977640+
ENSG00000244479chr7143948357144053274-
ENSG00000197558chr7149473131149531068+
ENSG00000204934chr7149564786149577699-
ENSG00000261305chr7150038860150039696+
ENSG00000240449chr7150060866150069679-
ENSG00000242258chr7150130742150145228+


 
first page | previous page | next page | last page     
Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2015 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.