Transcript Fusion

 

The transcript fusion data of TCGA were retrieved from the TumorFusions database.

 

List of the transcript fusions of the HAMPs in each cancer type


 Show   entries each page
 Jump to page  

 Total Page: 21 Total entries: 400
  
 Showing page 2  first page | previous page | next page | last page 
 
 Cancer Type  TCGA_barcode  Patient  Fusion_transcript  Gene_A  Gene_B  Chr_A  Chr_B  Strand_A  Strand_B  #_Discordant_Pairs  #_JSR  #_perfect_JSR  Evalue  Junction_A  Junction_B  Tier  Frame  TN  WGS_validation  Centrality 
BLCA  TCGA-XF-AAML-01A    TCGA-XF-AAML    USP7|SMARCA2    USP7    SMARCA2    16    9    -1    1    4    7    6    0.32    9057064    2161686    tier1    Out-of-frame    19431    NA    0  
BLCA  TCGA-DK-A3IQ-01A    TCGA-DK-A3IQ    ZBTB5|SMARCA2    ZBTB5    SMARCA2    9    9    -1    1    2    2    2    0.28    37465212    2086829    tier2    5UTR-CDS    20118    NA    0  
BRCA  TCGA-AN-A049-01A    TCGA-AN-A049    RFX3|SMARCA2    RFX3    SMARCA2    9    9    -1    1    2    1    1    0.013    3525747    2070418    tier3    5UTR-CDS    14616    NA    0  
LUSC  TCGA-NC-A5HJ-01A    TCGA-NC-A5HJ    SLC1A1|SMARCA2    SLC1A1    SMARCA2    9    9    1    1    10    9    8    0.005    4490770    2096657    tier1    Out-of-frame    16043    NA    0  
LAML  TCGA-AB-2910-03A    TCGA-AB-2910    CREBBP|KAT6A    CREBBP    KAT6A    16    8    -1    -1    13    12    12    0.024    3929833    41792385    tier1    In-frame    4206    NA    0.38552  
BRCA  TCGA-AO-A0J5-01A    TCGA-AO-A0J5    FAM49B|KAT6A    FAM49B    KAT6A    8    8    -1    -1    25    15    14    0.73    130883621    41792385    tier1    Out-of-frame    6181    NA    0.33435  
ESCA  TCGA-LN-A49L-01A    TCGA-LN-A49L    CHD7|KAT6A    CHD7    KAT6A    8    8    1    -1    3    23    21    0.082    61591641    41845081    tier1    5UTR-CDS    3640    validated    0.34245  
BRCA  TCGA-PL-A8LZ-01A    TCGA-PL-A8LZ    CENPO|NCOA1    CENPO    NCOA1    2    2    1    1    4    5    5    1.2    25040710    24985556    tier1    3UTR-CDS    3525    NA    0.375  
BRCA  TCGA-BH-A5J0-01A    TCGA-BH-A5J0    RAB10|NCOA1    RAB10    NCOA1    2    2    1    1    8    5    4    0.93    26257604    24866835    tier1    CDS-5UTR    14035    NA    0  
KIRP  TCGA-G7-6792-01A    TCGA-G7-6792    ROCK2|NCOA1    ROCK2    NCOA1    2    2    -1    1    8    10    9    0.63    11484122    24866835    tier1    CDS-5UTR    14895    NA    0  
STAD  TCGA-VQ-A91N-01A    TCGA-VQ-A91N    KCTD20|BRPF3    KCTD20    BRPF3    6    6    1    1    4    9    4    0.1    36410888    36168074    tier1    5UTR-5UTR    8616    NA    0.35792  
KIRP  TCGA-P4-AAVO-01A    TCGA-P4-AAVO    ADK|SIRT1    ADK    SIRT1    10    10    1    1    3    2    1    0.087    75911101    69676022    tier2    Out-of-frame    520    NA    0.36797  
LUSC  TCGA-77-8140-01A    TCGA-77-8140    BCL2L13|CECR2    BCL2L13    CECR2    22    22    1    1    2    2    2    0.9    18166087    18027838    tier2    In-frame    2022    NA    0.36127  
UCS  TCGA-NG-A4VU-01A    TCGA-NG-A4VU    OLFM2|CECR2    OLFM2    CECR2    19    22    -1    1    2    1    1    0.37    10046980    17956630    tier2    In-frame    12020    NA    0.36435  
BRCA  TCGA-BH-A0AU-01A    TCGA-BH-A0AU    ARHGEF17|EP300    ARHGEF17    EP300    11    22    1    1    22    4    4    0.22    73022875    41545042    tier1    In-frame    1303    NA    0.38597  
KIRC  TCGA-B0-5692-01A    TCGA-B0-5692    TNRC6B|EP300    TNRC6B    EP300    22    22    1    1    10    9    9    0.003    40552186    41572251    tier1    Out-of-frame    18391    NA    0  
LUSC  TCGA-34-5929-01A    TCGA-34-5929    TTC28|EP300    TTC28    EP300    22    22    -1    1    2    2    2    0.33    29025540    41531817    tier3    Out-of-frame    18841    NA    0  
SKCM  TCGA-FS-A4F4-06A    TCGA-FS-A4F4    ADRBK2|EP300    ADRBK2    EP300    22    22    1    1    18    22    21    0.98    25961120    41550999    tier1    Out-of-frame    545    NA    0.39468  
LAML  TCGA-AB-2897-03A    TCGA-AB-2897    C22orf34|BRD1    C22orf34    BRD1    22    22    -1    -1    2    1    1    0.008    50051053    50217979    tier4    CDS-5UTR    2670    NA    0  
SKCM  TCGA-FS-A1ZK-06A    TCGA-FS-A1ZK    GRAP2|BRD1    GRAP2    BRD1    22    22    1    -1    49    30    28    2.2    40365537    50192767    tier1    In-frame    7401    non-validated    0.38204  

 Showing page 2  		first page | previous page | next page | last page 








Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2015 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.