Transcript Fusion

 

The transcript fusion data of TCGA were retrieved from the TumorFusions database.

 

List of the transcript fusions of the HAMPs in each cancer type


 Show   entries each page
 Jump to page  

 Total Page: 21 Total entries: 400
  
 Showing page 15  first page | previous page | next page | last page 
 
 Cancer Type  TCGA_barcode  Patient  Fusion_transcript  Gene_A  Gene_B  Chr_A  Chr_B  Strand_A  Strand_B  #_Discordant_Pairs  #_JSR  #_perfect_JSR  Evalue  Junction_A  Junction_B  Tier  Frame  TN  WGS_validation  Centrality 
LUAD  TCGA-55-7727-01A    TCGA-55-7727    NCOA3|EYA2    NCOA3    EYA2    20    20    1    1    4    5    5    0.77    46130763    45618640    tier1    5UTR-5UTR    11197    NA    0.37842  
LUAD  TCGA-75-5146-01A    TCGA-75-5146    NCOA3|SGK2    NCOA3    SGK2    20    20    1    1    52    31    25    2.2    46212005    42195113    tier1    5UTR-5UTR    11205    NA    0.37689  
LUSC  TCGA-37-4133-01A    TCGA-37-4133    NCOA3|EYA2    NCOA3    EYA2    20    20    1    1    6    2    2    0.77    46271128    45700824    tier1    Out-of-frame    11196    NA    0.37842  
LUSC  TCGA-6A-AB49-01A    TCGA-6A-AB49    NCOA3|GGT7    NCOA3    GGT7    20    20    1    -1    10    3    2    2.6    46130763    33451351    tier1    5UTR-CDS    11200    NA    0.37323  
OV  TCGA-23-1030-01A    TCGA-23-1030    NCOA3|EYA2    NCOA3    EYA2    20    20    1    1    6    3    3    0.77    46130763    45801355    tier1    5UTR-CDS    11195    NA    0.37842  
SARC  TCGA-DX-A1KU-01A    TCGA-DX-A1KU    NCOA3|PTPRT    NCOA3    PTPRT    20    20    1    -1    2    3    3    0.002    46130763    41101202    tier3    5UTR-CDS    11204    non-validated    0.3773  
UCEC  TCGA-A5-A1OH-01A    TCGA-A5-A1OH    NCOA3|EYA2    NCOA3    EYA2    20    20    1    1    4    2    1    0.77    46212005    45618640    tier4    5UTR-5UTR    11198    NA    0.37842  
UCEC  TCGA-B5-A3FB-01A    TCGA-B5-A3FB    NCOA3|KCTD20    NCOA3    KCTD20    20    6    1    1    14    8    8    0.13    46130763    36437829    tier1    5UTR-5UTR    11201    NA    0.37423  
UCEC  TCGA-PG-A915-01A    TCGA-PG-A915    NCOA3|MLLT6    NCOA3    MLLT6    20    17    1    1    15    14    10    0.62    46130763    36865426    tier1    5UTR-CDS    11202    NA    0.3794  
UCEC  TCGA-AX-A2H4-01A    TCGA-AX-A2H4    NCOA3|PADI1    NCOA3    PADI1    20    1    1    1    13    4    4    0.31    46130763    17548785    tier1    5UTR-CDS    11203    NA    0.37364  
UCS  TCGA-N5-A4RO-01A    TCGA-N5-A4RO    NCOA3|EYA2    NCOA3    EYA2    20    20    1    1    14    11    4    0.77    46254225    45700824    tier1    Out-of-frame    11199    NA    0.37842  
UCS  TCGA-N6-A4VE-01A    TCGA-N6-A4VE    NCOA3|SULF2    NCOA3    SULF2    20    20    1    -1    5    3    3    0.4    46276110    46331414    tier1    Out-of-frame    11206    NA    0.37418  
PRAD  TCGA-YJ-A8SW-01A    TCGA-YJ-A8SW    SIRT5|PHACTR1    SIRT5    PHACTR1    6    6    1    1    2    2    1    0.4    13601181    13273092    tier4    In-frame    15960    NA    0  
BRCA  TCGA-AQ-A04J-01A    TCGA-AQ-A04J    SMARCA4|CARM1    SMARCA4    CARM1    19    19    1    1    5    3    2    2.1    11097679    11024553    tier1    Out-of-frame    16369    non-validated    0  
BRCA  TCGA-A7-A4SD-01A    TCGA-A7-A4SD    SMARCA4|DNM2    SMARCA4    DNM2    19    19    1    1    35    21    19    0.096    11071850    10883155    tier1    5UTR-CDS    16372    NA    0  
BRCA  TCGA-AN-A0FJ-01A    TCGA-AN-A0FJ    SMARCA4|DNM2    SMARCA4    DNM2    19    19    1    1    161    100    93    0.096    11136184    10930656    tier1    In-frame    16373    NA    0  
BRCA  TCGA-AR-A256-01A    TCGA-AR-A256    SMARCA4|ICAM1    SMARCA4    ICAM1    19    19    1    1    16    17    16    0.19    11071850    10385441    tier1    5UTR-CDS    16376    non-validated    0  
ESCA  TCGA-2H-A9GN-01A    TCGA-2H-A9GN    SMARCA4|DNM2    SMARCA4    DNM2    19    19    1    1    14    89    77    0.096    11071850    10916592    tier1    5UTR-CDS    16371    NA    0  
ESCA  TCGA-JY-A6FH-01A    TCGA-JY-A6FH    SMARCA4|SLC44A2    SMARCA4    SLC44A2    19    19    1    1    4    26    24    0.017    11107220    10745432    tier1    Out-of-frame    16379    NA    0  
LUAD  TCGA-55-8505-01A    TCGA-55-8505    SMARCA4|DOCK6    SMARCA4    DOCK6    19    19    1    -1    65    41    31    0.38    11130377    11311728    tier1    In-frame    16375    NA    0  

 Showing page 15  		first page | previous page | next page | last page 








Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2015 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.